亲水指数

时间:2020-04-21 06:51:25

某种氨基酸的亲水指数(hydropathy index)是一个描述其支链的亲水性或疏水性程度大小的值。“亲水指数”于1982年被Jack Kyte与Russell Doolittle提出。亲水指数越大,这种氨基酸的疏水性就越强。

亲水指数是根据蒸汽至水相转移的ΔtrGmɵ以及在形成蛋白质时氨基酸在表面和内部的分布测算的。疏水性最强的两种氨基酸分别是异亮氨酸(亲水指数为4.5)与缬氨酸(亲水指数为4.2);亲水性最强的两种氨基酸分别是精氨酸(亲水指数为-4.5)和赖氨酸(亲水指数为-3.9)。

20种常见氨基酸的亲水指数(基于Kyte与Doolittle的数据,缩写符号参见氨基酸)
RKNDQEHPYWSTGAMCFLVI
-4.5-3.9-3.5-3.5-3.5-3.5-3.2-1.6-1.3-0.9-0.8-0.7-0.41.81.92.52.83.84.24.5
Eisenberg consensus scale(ECS)提供的20种常见氨基酸的亲水指数
RKDQNEHSTPYCGAMWLVFI
-2.5-1.5-0.90-0.85-0.78-0.74-0.40-0.18-0.050.120.260.290.480.620.640.811.11.11.21.4

用途

亲水指数在蛋白质结构的研究中十分重要。具有疏水性的氨基酸在蛋白质的三维结构中更常见于蛋白质的内部,而具有亲水性的氨基酸更常出现在蛋白质的表面。

另一个重要用途是预测膜蛋白在细胞膜中的分布。如果发现膜蛋白有连续二十个左右的氨基酸都具有较强的疏水性,那么很有可能这一段氨基酸是膜蛋白横跨细胞膜的部分。

参见

  1. ^ Kyte J, Doolittle RF. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J. Mol. Biol. 1982年5月, 157 (1): 105–32. PMID 7108955. doi:10.1016/0022-2836(82)90515-0.
  2. ^ Eisenberg D. Three-dimensional structure of membrane and surface proteins. Ann. Rev. Biochem. 1984年7月, 53: 595–623. PMID 6383201. doi:10.1146/annurev.bi.53.070184.003115.

与本文近似的文章: